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故事是发生在前作《初音岛Ⅱ》剧情结束的20年之后,初音岛风见学园的非官方新闻部向官方新闻部发起了挑战,为了让毕业祭特刊更加受到欢迎,部长森园立夏决定以魔法主题,前往调查“永不凋零的樱花树”的当晚,樱花树瞬间盛开了,于此同时,一封内容奇怪、发件人不明的手机邮件,同时送到了官方新闻部的每一个成员的手机上,就这样,男主角芳乃清隆和五位少女开启了一段奇异而又温馨的故事。