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抱持着帮助他人而化身魔法少女,与此同时却必须背负着残酷的命运。在接二连三的战斗中,善良的美树沙耶加(喜多村英梨 配音)彻底耗尽自己的生命。当她的尸体被晓美焰(斋藤千和 配音)和佐仓杏子(野中蓝 配音)带回时,令她的好友鹿目圆(悠木碧 配音)感受到前所未有的悲伤与痛苦。而从丘比(加藤英美里 配音)那里听说到魔法少女的宿命之说,不禁让她受到前所未有的触动。在杏子的建议下,小圆决定救助沙耶加,而她们即将与最强的魔女之夜(水桥香织 配音)碰面。有关魔女的前途与生命,她们走上一条凶险非常的道路……

本片为魔法少女的剧场版,分三部上映,由TV版12话重新编集而成。