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在亚美斯多利斯期间,爱德华・艾尔利克(朴璐美 饰)和弟弟阿尔方斯(钉宫理恵 饰)遭遇了还有两个月就可以刑满释放的越狱犯梅尔文(森川智之 饰),结果发现对方拥有不输于艾尔利克兄弟的强大炼金术。根据梅尔文在监狱留下的蛛丝马迹,兄弟二人前往西方的大国古雷达调查。在这里他们的火车遭到神秘黑蝙蝠的袭击,同时也遇到了梅尔文寻找的少女茱莉亚・克莱顿(坂本真绫 饰)。一番混乱之后,他们相继来到位于地下的贫困之镇米洛斯。米洛斯是大国夹缝中的牺牲品,而她的人民也决定利用圣星的利用重新复兴祖国与民族……