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故事的背景是世界末日后的未来,当地的人类受到名为叫龙(叫竜(きょりゅう))的怪物蹂躏,幸存的人类组织了名为种植园的武装都市,并将男孩和女孩训练成操纵者(パラサイト,Parasite),配成一对并共同驾驶巨大机器人FRANXX与叫龙作战。其中一名男孩广在过去被视为神童,但他在一次失败后变得无法驾驶FRANXX,这使他失去生存的欲望,直到他遇见一名叫龙和人类混血的女性操纵者02。在一次与叫龙的对战后,广请求了02成为自己的搭档,而02总是称广为Darling(亲爱的)。