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魔法少女们的全新战斗,现在开始——
人类从远古时期开始,就展开了与名为“异形”的存在的战斗。在战斗中,总是站在前头的,是拥有魔法力、被称为“魔女”的十多岁的少女们。因为有异形存在的侵略,为了保护人们,魔女们装备上能够增加魔法力的新的魔法扫帚“飞行脚(Striker Unit)”来参加战斗。
然后,到了1945年。解救了处于异形军威胁下的高卢、罗马涅后,第501统合战斗航空团,通称“强袭魔女(Strike Witches)”,在任务结束后解散。魔女们飞往各地。
成员中的一人,宫藤芳佳,在罗马涅的战斗中失去了作为魔女的魔法力,为了救助人们,在故乡扶桑以成为医生为目标努力学习。这样的芳佳,突然有一天被一位魔女所拜访。魔女的名字是,服部静夏。穿着扶桑海军士官候补生制服的服部,作为其随行同行,传达了前往欧洲的留学命令。“在医学最先进的国家,能学到新的医学。”两眼放光的宫藤,决定了要去欧洲留学。
与此同时,在欧洲的异形军开始出现了不寻常的举动,各地的魔女们加强警戒。宫藤与服部,就此踏上从横须贺前往欧洲的旅程。而所等待她们的是——?